Pierwsze wzmianki o pobycie Żydów w Warszawie można odnaleźć w źródłach historycznych z początku XV wieku. Według zapisów w warszawskich księgach miejskich z 1421 roku na terenie miasta mieszkało dziesięciu Żydów.
Historia warszawskiej samorządności żydowskiej zaczęła się pod koniec XVIII wieku, kiedy jeszcze obowiązywał przywilej de non tolerandis Judaeis według którego Żydzi mieli zakaz mieszkania w mieście i posiadania nieruchomości. Dlatego Żydzi osiedlali się poza granicami Warszawy, głównie na Pradze.
W 1799 roku Żydzi otrzymali zezwolenie na stworzenie gminy, co zapoczątkowało rozwój żydowskiej społeczności w Warszawie. W drugiej połowie XIX wieku nadano Żydom prawa obywatelskie, a także zniesiono ograniczenia dotyczące osadnictwa i nabywania nieruchomości. W 1864 roku w Warszawie mieszkało 72 tys. Żydów, co stanowiło 33% wszystkich jej mieszkańców. W latach dwudziestych i trzydziestych XX wieku Warszawa stała się także wielkim centrum żydowskiego życia kulturalnego.
Po wybuchu II wojny światowej prezesem warszawskiej gminy żydowskiej został Adam
Czerniaków, mianowany na to stanowisko 23 września 1939 roku przez Prezydenta Warszawy
Stefana Starzyńskiego. Adam Czerniaków stanął także na czele Judenratu – Warszawskiej Rady
Żydów po utworzeniu jej przez Niemców w październiku 1939 roku.
W tym czasie w Warszawie
mieszkało blisko 360 000 Żydów, a kolejne tysiące przybywały z terenów włączonych do Rzeszy.
Niemcy stopniowo ograniczali prawa Żydów. Wprowadzili nakaz noszenia opasek z gwiazdą
Dawida, zamykali synagogi, zabronili zbiorowych modlitw w domach, zakazano Żydom wstępu
do określonych części miasta.
12 października 1940 roku gubernator dystryktu warszawskiego, Ludwig Fischer, ogłosił rozporządzenie o utworzeniu getta w Warszawie i nakazał wszystkim warszawskim żydom przeprowadzkę na jego teren. 16 listopada 1940 roku getto zostało zamknięte.
Warszawskie getto było największym gettem okupowanej przez Niemcy Europy. W kwietniu 1941 roku mieszkało w getcie około 450 tysięcy Żydów, z których tysiące umarło z głodu i chorób lub w czasie akcji wysiedleńczej. W czasie od 22 lipca do 21 września 1942 roku wywieziono i zamordowano ponad 275 tys. Żydów z getta warszawskiego. W Warszawie pozostało tylko około 35 tysięcy Żydów. Część z nich działała w żydowskich organizacjach oporu i 19 kwietnia 1943 roku, po wkroczeniu Niemców do getta w celu jego likwidacji stawiła im opór i w getcie wybuchło powstanie. Walki trwały do połowy 16 maja 1943 roku. Tego dnia Niemcy wysadzili Wielką Synagogę na Tłomackiem, co miało być symbolicznym potwierdzeniem zdławienia powstania, likwidacji warszawskiego getta.
Zagładę przeżyli nieliczni warszawscy Żydzi. W 1946 roku żydowska ludność Warszawy liczyła około 18 tysięcy osób. W sierpniu 1946 roku został powołany Związek Religijny Wyznania Mojżeszowego w Polsce, który miał zaspokajać potrzeb religijnych Żydów, jednak jego działalność była stopniowo ograniczana, a liczba członków zmniejszała się w wyniku kolejnych fal emigracji. Na początku lat 70. liczba warszawskich Żydów zmalał do dwóch 2 tysięcy osób, z których część nadal podejmowała próby prowadzenia życia religijnego, a także prowadzenia działalności opiekuńczej, kulturalnej i zachowania dziedzictwa materialnego.
Dzisiejsza Gmina Wyznaniowa Żydowska w Warszawie jest moralnym i prawnym spadkobiercą przedwojennych gmin żydowskich. Została reaktywowana Ustawą o stosunku państwa do gmin wyznaniowych żydowskich w RP z 20 lutego 1997, która weszła w życie 11 maja 1997. W 2006 roku wspólnota żydowska w Polsce uchwaliła swoje Prawo Wewnętrzne. Obydwa dokumenty stanowią podstawę prawną funkcjonowania współczesnych gmin żydowskich w Polsce. Gmina Wyznaniowa Żydowska w Warszawie to podstawowa organizacja warszawskiej wspólnoty żydowskiej, wchodząca w skład Związku Gmin Wyznaniowych Żydowskich w RP. Gmina warszawska z Filią w Lublinie jest największą z gmin tego Związku.
Członkiem Gminy może zostać każdy, kto zgodnie z Prawem Powrotu może ubiegać się o obywatelstwo Izraela, (warunkiem jest, by przynajmniej jedno z dziadków było Żydem), a także osoby, które dokonały konwersji na judaizm prowadzonej przez jednego z rabinów Gminy.
Społeczność Gminy Wyznaniowej Żydowskiej w Warszawie liczy ponad 700 dorosłych członków, wśród których są ludzie młodzi i starsi, aktywni zawodowo i seniorzy, religijni i niewierzący. Każdy, kto chce być częścią warszawskiej społeczności żydowskiej i działać dla niej, znajdzie w Gminie swoje miejsce. Gmina Wyznaniowa Żydowska w Warszawie stwarza dla swoich członków ofertę społeczną, kulturalną i edukacyjną, a także zapewnia wsparcie osobom potrzebującym pomocy.
Gmina prowadzi synagogę ortodoksyjną im. Zalmana i Rywki Małżonków Nożyków – jedyną synagogę ocalałą w Warszawie z pożogi wojennej, synagogę postępową Ec Chaim i synagogę w Jeszywas Chachmej Lublin, a także zatrudnia czworo rabinów: Michaela Schudricha, który od 2004 roku pełni funkcję Naczelnego Rabina Polski, Icchaka Rapoporta, Stasa Wojciechowicza i Małgorzatę Kordowicz. Przy Gminie funkcjonują: mykwa, bractwo pogrzebowe Chewra Kadisza, Klub Seniora, Klub Gminny "Bejtejnu", Szkółka Szabatowa Ec Chaim, Cheder prowadzony w JCC, a także koszerny sklep i koszerna stołówka.